Flaskアプリからファイルを書き出すときにアプリケーションのパスを取得するには…
Flaskアプリからopen(filename, 'w')することはできない、というかこのときfilenameが書き込まれるパスはFlaskアプリのルートにではなくos.path.abspath(os.curdir)になる。たとえばFlaskのstaticディレクトリにJSONを書き出し静的なjson利用したいとしたら
BASE_DIR = os.path.dirnam(__file__)
myfile = open(os.path.join(BASE_DIR,'static/sample.json'), "w")
myfile.write(data)
のように書く