cd ~/.local/share/applications
touch nombre-app.desktop
[Desktop Entry] Type=Application Encoding=UTF-8 Name=Pycharm Comment=PyCharm IDE Exec=~/dev/pycharm/bin/pycharm.sh Icon=~/dev/pycharm/bin/pycharm.png Terminal=false
Se ve que también tiene que tener permisos de ejecución. Copiando otro no me ha funcionado. Ir a la carpeta, botón derecho y poner "allow executing as a program"