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import pandas as pd

# 二行ヘッダーがあるので、整形
# ヘッダーだけまず取得

temp = pd.read_csv("hoge.csv", header=None, nrows=2)
header = temp.ix[0] + "[" + temp.ix[1] + "]"

# データ部を取得
NGS_df = pd.read_csv("hoge.csv", header=None, skiprows=2)

# ヘッダーを統合
NGS_df.columns = header