danielecook
11/5/2015 - 8:05 PM

Generate sample file #fastq

Generate sample file #fastq


# Generate Individual File
paste <(find * -type f -name '*1.fq.gz') <(find * -type f -name '*2.fq.gz' ) <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 2 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' |  cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' |  cut -f 1,2,3 -d '-') 
# Generate Sample File
paste <(find * -type f -name '*1.fq.gz') <(find * -type f -name '*2.fq.gz' ) <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 2 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 3 -d '-')