Exemplo de como deletar colunas com o Phinx
public function up()
{
$tabela = $this->table( 'nome_tabela' );
$tabela->removeColumn( 'nome_coluna' )->update();
}
public function down()
{
$tabela = $this->table( 'nome_tabela' );
$tabela->addColumn( 'nome_coluna', 'integer', [
'null' => true,
'default' => null,
'comment' => 'Comentário explicativo qualquer'
] )->update();
}