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o si no en /etc/default/tomcat6 buscamos

# To enable remote debugging uncomment the following line.
# You will then be able to use a java debugger on port 8000.
#JAVA_OPTS="${JAVA_OPTS} -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8000,server=y,suspend=n"

y la descomentamos, lo bueno de esta opcion es que son parametros de la vm, y nos permite tanto para tomcat como para jetty o cualquier otra cosa que querramos depurar

En maquina remota

Win
set JPDA_ADDRESS=8000 
set JPDA_TRANSPORT=dt_socket

Unix
export JPDA_ADDRESS=8000 
export JPDA_TRANSPORT=dt_socket 

Iniciar Tomcat en debugger
Win
/TomcatHome/bin/catalina.bat jpda start

Unix:
/TomcatHome/bin/catalina.sh jpda start


En eclipse, en Debug Configurations/Remote Java Application
  Hacer NEW 
  Seleccionar el proyecto (normalmente el que esta abierto)
  Connection type Standard
  host: la ip/url que queremos depurar
  port: 8000
  
  clickeamos en debug y deberia andar... si no rezar//
  mas info
  http://www.adictosaltrabajo.com/tutoriales/tutoriales.php?pagina=DepurarTomcatRemoto