Ошибки и проблемы
Если пул приложения работает под стандартной учётной записью (ApplicationPoolIdentity), то при попытке установить приложение с компьютера не в домене вываливается ошибка что-то типа:
Cannot retrieve application. Authentication error. http://ptgmedia.pearsoncmg.com/images/chap6_9780321197696/elementLinks/noyes_fig06_31.jpg
Это происходит потому что при установке приложения с помощью ClickOnce браузер, запрашивая каждый файл, сбрасывает авторизацию. То есть, если веб-узел с ClickOnce дистрибутивом имеет Windows-авторизацию, то браузер один раз запросит логин и пароль, а последующие файлы будет запрашивать у IIS без авторизации. Естественно в данном случае IIS будет возвращать ошибку 401 (или 403??).
А если включена анонимная авторизация, то IIS будет пытаться ломиться в папку с дистрибутивом приложения под ApplicationPoolIdentity, и тоже будет в браузере выкидываться ошибка 401.
http://www.informit.com/articles/article.aspx?p=691085&seqNum=11
Для решения данной проблемы: создаем на веб-сервере локальную учетку, из под неё запускаем пул приложения, где развернут ClickOnce и даём на папку с дистрибутивом права этой учетке... И все работает)))