Первый путь - источник (т.е. откуда, source), второй - назначение (т.е. куда, destination). Конкретно то, что выше - копирует с ssh в указанную папку на локальной машине. После копирования - удаляет с локальной машины то то, чего нет на удалённой машине. Т.е. по сути, синхронизация в своём роде. Обрати внимание, что в первом пути нужен слеш в конце пути, во втором - нет.
Команда должна выполнять с той машины, куда копируешь. Если тебе с внешнего хостинга нужно к себе залить - тогда местами нужно поменять пути, откуда и куда.
rsync -avzhe ssh autoyulv_1@autoyulv.bget.ru:/home/a/autoyulv/autoyulv.bget.ru/public_html/sites/default/files/ /var/www/skm.pp.ua/dommovik/sites/default/files --delete-after