michtesar
8/4/2016 - 9:28 PM

Návod k instalaci Juyper notebook (dříve iPython notebook) pro práci v Python na macOS a Linux. Dále návod na připojení se k superpočítači v

Návod k instalaci Juyper notebook (dříve iPython notebook) pro práci v Python na macOS a Linux. Dále návod na připojení se k superpočítači v Metacentrum a zprovoznění a nainstalování Jupyter notebooku a přes SSH tunel lokální připojení.

jyputer-notebook-metacentrum.md
content_copyfile_download
  • Rendered
  • Source

Jupyter notebook na Metacentru

Servery Metacentra dovolují bez použití sudopřipravit vneveřejný server, který hostuje zvolený Python (případně R, ale i později snad i MATLAB) kernel.

Návod je psaný pro Python ve verzi 3.4, protože v něm funguje připojení jádra R, Ruby a další. Dále podle dokumentace sice Python 2.7 je hojně podporován knihovnami, ale nemá již další podporu u vývojářů.

Instalace balíků

  1. Přidat ihned po zalogování cesty k modulům Python nano .bash_profile
module add python27-modules-intel
# Set pip path for --user option
export PYTHONUSERBASE=/storage/plzen1/home/<user_name>/.local
# Set PATH and PYTHONPATH variables
export PATH=$PYTHONUSERBASE/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$PYTHONUSERBASE/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
  1. Nainstalovat balík MNE pip install --user mne
  2. Instalace návazných balíků pip install --user scikit-learn

Spuštění jupyter notebooku

  1. jupyter notebook
  2. Po spuštění se obeví asi toto
[I 23:10:49.081 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /auto/brno2/home/tesarm
[I 23:10:49.082 NotebookApp] 0 active kernels 
[I 23:10:49.082 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at: http://localhost:8888/
[I 23:10:49.082 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).
[W 23:10:49.086 NotebookApp] No web browser found: could not locate runnable browser.
[I 23:12:27.355 NotebookApp] 302 GET / (127.0.0.1) 1.91ms
[W 23:12:28.946 NotebookApp] 404 GET /apple-touch-icon-precomposed.png (127.0.0.1) 37.26ms referer=None
[W 23:12:28.990 NotebookApp] 404 GET /apple-touch-icon.png (127.0.0.1) 4.07ms referer=None
  1. Zaznamenejte si port na kterém Jupyter notebook běží viz http://localhost:8888/

Tunelování SSH

  1. ssh -L 8000:localhost:8888 tesarm@skirit.metacentrum.cz
  2. parametr 8000 lze nastavit na jakoukoli hodnotu rovnou nebo vyšší 8000
  3. parametr 8888 je port na kterém běží Jupyter notebook na serveru
  4. Zbytek je adresa k připojení na SSH

Spuštění Jupyter notebooku

Do adresního řádku zadejte http://localhost:8000/ případně cokoli jiného (pokud jste si zvolili jiný lokální port)

Po celou dobu je nutné mít zapnuté tunelování.

Instalace komponent

Jádro R

  1. Na začátek si přidáme modul R do .bash_profile module add R-3.2.3-intel
  2. Nejdříve si otevřeme konzoli R v terminálu přes R
  3. Nainstalujeme si IRkernel balíček přes
install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
                  repos = c('http://irkernel.github.io/',
                  getOption('repos')),
                  type = 'source')
IRkernel::installspec()
  1. Dále doinstalujeme interpreter pro IRkernel
IRkernel::installspec(name = 'ir32', displayname = 'R 3.2')