//現在時刻を取得する変数と関数
<?php $timestamp = time() ?>
//変数を読み込ませる
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css?<?php echo $timestamp ?>">
<script type="text/javascript" src="util.js?<?php echo $timestamp ?>"></script>
//出力結果の例
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css?1435935600">
<script type="text/javascript" src="util.js?1435935600"></script>