Команду для cron в BitrixEnv нужно писать в файл etc/cron.d/bx_site где site - название сайта. Файл уже создан автоматически при включении cron для сайта в меню BitrixEnv.
http://www.rhd.ru/docs/manuals/enterprise/RHEL-AS-2.1-Manual/custom-guide/cron-task.html
service cron restart
service cron status
service cron reload
crontab -l
crontab -e
на машинах с окружением Битрикса
service crond restart
service crond status
service crond reload
crontab -l
crontab -e