genomewalker
6/30/2016 - 9:08 AM

psi_cd-hit_memento.sh

cd-hit -i nr -o nr90 -c 0.9 -n 5 -G 0 -aS 0.9 -g 1
cd-hit -i nr90 -o nr80 -c 0.8 -n 5 -G 0 -aS 0.9 -g 1
cd-hit -i nr80 -o nr60 -c 0.6 -n 4 -G 0 -aS 0.9 -g 1
#$ -P mpi45
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_rt=72:00:00
#$ -q class_a
#$ -V
#$ -pe mp8 8
#!/bin/bash -l
#$ -P mpi45
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_rt=72:00:00
#$ -N PSI-MAS
#$ -q class_a
#$ -V
#$ -pe mp64 64
export PATH=/home/mpi45770/opt/blast-2.2.26/bin:/home/mpi45770/UNKNOWN/cdhit:/home/mpi45770/UNKNOWN/cdhit/psi-cd-hit:$PATH

cd ~/UNKNOWN/cdhit/

./psi-cd-hit/psi-cd-hit.pl -i TARA_OSD_GOS.orf.aa.pfam27.nohit.90.80.60 -o TARA_OSD_GOS.orf.aa.pfam27.nohit.90.80.60.30 -c 0.3  -G 0 -aS 0.9 -g 1 -ce 1e-6  -exec qsub -host 64 -core 8 -shf qsub_conf -restart TARA_OSD_GOS.orf.aa.pfam27.nohit.90.80.60.30.restart