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Estrutura

Primeiro, deve-se criar a estrutura padrão de um submódulo dentro do Magento.

app/code/community/projectname/modulename

Módulo
  Block
  etc
  Model
  Projectname_Modulename.xml

Após criar a estrutura do módulo, deve-se copiar o arquivo "Projectname_Modulename.xml" para a raíz:

app/etc/modules/

Só assim o módulo passará a funcionar.

Versionamento

Após criada a estrutura do módulo dentro do projeto principal, iremos movê-la para uma outra pasta antes de executar qualquer commit.

mkdir ~/Desktop/nomedapasta

Cria a pasta para receber os arquivos temporários.

mv app/code/community/projectname/modulename ~/Desktop/nomedapasta

Move os arquivos do módulo para a pasta temporária. Após feito isso, iremos criar o repositório nessa pasta para fazermos nosso commit.

git init
git remote add origin git@....
git commit
git push origin master

Aqui, já teremos nosso repositório commitado, com todos os arquivos do módulo. Então, o próximo e último passo é adicionarmos esse repositório ao nosso projeto, como um submódulo, dentro da pasta que desejarmos.

git submodule add git@git...