Подключаем файлы(css,js,...) в head, работает благодаря отложенным функциям битрикса:
<?php
$APPLICATION->AddHeadString('<link href="'.SITE_TEMPLATE_PATH.'/css/script.css"; type="text/css" rel="stylesheet" />',true);
$APPLICATION->AddHeadString('<script type="text/javascript" src="'.SITE_TEMPLATE_PATH.'/js/script.js">',true);